Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii (IBMiB) powstał w 1992 roku, a w jego skład weszły cztery zakłady istniejące wcześniej w strukturach Wydziału Biologii: Zakład Bioenergetyki, Zakłd Biochemii Biopolimerów, Zakład Metabolizmu Węgla i Azotu i Zakład Biologii Molekularnej Roślin. Ojcami – Założycielami Instytutu byli trzej profesorowie – prof. dr hab. Jacek Augustyniak (kierownik Zakładu Biochemii Biopolomerów), prof. dr hab. Jan Michejda (kierownik Zakładu Bioenergetyki) i prof. dr hab. Ryszard Schramm (kierownik Zakładu Metabolizmu Węgla i Azotu).

Gwałtownie rozwijające się na świecie pod koniec XX wieku biologia molekularna, biotechnologia i bioinformatyka stymulowały rozwój IBMiB, który przeżywa od czasu utworzenia gwałtowną transformację. Zbyt mała liczba pracowników naukowych zajmujących się genetyką molekularną człowieka (znajdującą niezwykle żywy oddźwięk w zainteresowaniach studentów) dodatkowo ukierunkowywała działania mające na celu rozwój IBMiB. Już w samych początkach XXI wieku powstały pracownie bioinformatyki, które potem przekształciły się w zakłady i częściowo zasiliły inne instytuty na Wydziale Biologii (Instytut Biologii i Ewolucji Człowieka). Zakłady te odegrały i odgrywają ogromną rolę w podnoszeniu jakości prowadzonych badań, a to za przyczyną wprowadzania i tworzenia narzędzi bioinformatycznych wspomagających stawianie hipotez badawczych i analizy uzyskiwanych wyników eksperymentalnych. Powstał Zakład Biotechnologii (z dawnego Zakładu Biochemii Biopolimerów), w którym prowadzono badania nad roślinami użytkowymi i stosowano nowoczesne narzędzia uzyskiwania roślin transgenicznych, edycji genomu i analiz całogenomowych. Zakład ten został przekształcony w dwie pracownie (w 2019 powstały Pracownia Biotechnologii i Pracownia Biologii Genomu), które rozwijają badania nad mechanizmami transdukcji sygnału, rekombinacji mejotycznej i remodelowania chromatyny w kontekście regulacji ekspresji genów u roślin. Z kolei Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej (powstały na bazie Zakładu Biologii Molekularnej Roślin) wprowadził do IBMiB najnowocześniejsze techniki mikroskopowe do analiz strukturalnych i oddziaływań międzycząsteczkowych. W 2008 roku powstał nowy Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka, w którym prowadzone są badania nad molekularnymi podstawami nowotworzenia i stanów zapalnych. Zakład ten jako pierwszy wprowadził hodowle komórek zwierzęcych i ludzkich do badań w IBMiB. W 2020 roku Powstała Pracownia Biochemii RNA (na bazie Zakładu Metabolizmu Węgla i Azotu), w której prowadzi się badania nad rolą cząsteczek RNA w regulacji metabolizmu, a w szczególności regulacji mechanizmów obronnych oraz adaptacyjnych komórek bakteryjnych. Zakład Bioenergetyki prowadzi nowoczesne badania nad molekularnymi podstawami przekształcania energii ze szczególnym uwzględnieniem procesów fizjologicznych i patofizjologicznych zachodzących w mitochondriach. W zakładzie wykorzystując są różne modele badawcze (od eukariotycznych mikroorganizmów po rośliny wyższe i człowieka).

Szczególną rolę w rozwoju IBMiB odegrali prof. dr hab. Zofia Szweykowska-Kulińska i prof. dr hab. Artur Jarmołowski. W 1996 roku powstał Zakład Ekspresji Genów, do którego przeszła część pracowników Zakładu Biochemii Biopolimerów.
Przez niemalże 20 lat prof. dr hab. Szweykowska-Kulińska była Dyrektorem Instytutu, a prof. dr hab. Jarmołowski – Wicedyrektorem ds. naukowych.

W zakładzie tym prowadzono początkowo jedynie badania nad metabolizmem RNA u roślin, a zwłaszcza nad splicingiem i biogenezą mikroRNA. Pod inspirującym kierownictwem prof. Zofii Szweykowskiej-Kulińskiej i prof. Artura Jarmołowskiego, Zakład Ekspresji Genów stanowił i nadal stanowi inkubator dla nowo przyjmowanych młodych pracowników naukowych, którzy po utworzeniu swoich grup badawczych tworzą nowe zakłady, pracownie lub laboratoria. W ramach Zakładu Ekspresji Genów istnieje obecnie osiem niezależnych grup badawczych. Tematyka grup badawczych kierowanych przez nowo zrekrutowanych z całego świata młodych, samodzielnych naukowców dotyczy przede wszystkim RNA (integracja różnych poziomów regulacji ekspresji genów – chromatyny, transkrypcji i obróbki RNA), opracowywania nowych terapii genowych w oparciu o narzędzia interferencji RNA i oligonukleotydy antysensowe, czy w oparciu o technologie komórek macierzystych w opracowaniu strategii terapeutycznych cukrzycy typu 2, powiązań struktury i funkcji białek i mechanizmów epigenetycznych. Ukoronowaniem rozwijania tematyki RNA w IBMiB było otrzymanie w 2014 roku statusu ośrodka KNOW (Krajowy Ośrodek Wiodący w badaniach nad RNA, wraz z Instytutem Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu). Ponadto IBMiB jest liderem na Wydziale Biologii gdy chodzi o uzyskiwanie projektów naukowych finansowanych ze źródeł krajowych i międzynarodowych (granty Komisji Europejskiej, granty ERC). Dynamikę rozwoju IBMiB niech podkreślą następujące liczby: w 2009 roku liczył on 44 pracowników i 36 doktorantów, a w 2024 – 92 pracowników i 70 doktorantów.