For students
Propozycje tematów prac licencjackich i magisterskich
Pracownia Biochemii RNA
- Rozpoznawanie RNA przez białko KhpA z bakterii Streptococcus pneumoniae.
RNA recognition by KhpA protein from Streptococcus pneumoniae. - Wiązanie RNA przez fragment białka KhpB z bakterii Streptococcus pneumoniae zawierający domeny wiążące RNA: KH i R3H.
RNA binding by a fragment of KhpB protein from Streptococcus pneumoniae, which contains RNA-binding domains: KH and R3H.
Zakład Bioenergetyki
Prace licencjackie
- Mitochondria i hartowanie niedokrwieniem – molekularne mechanizmy ochrony mięśnia sercowego (dr Anna Kicińska)
- Od funkcji do strategii terapeutycznych: mitochondria w przewlekłych chorobach układu oddechowego (dr Anna Kicińska)
- Mitochondrialne DNA jako czynnik pobudzający aktywność układu immunologicznego (dr Anna Kicińska)
- Rola mitochondriów w metabolizmie komórek nowotworowych (praca teoretyczna) (prof. Wiesława Jarmuszkiewicz)
- Rola mikrobiomu w chorobie Parkinsona (prof. Małgorzata Wojtkowska)
- Pozajądowe cząsteczki DNA w chorobie Parkinsona. (prof. Małgorzata Wojtkowska)
Prace magisterskie
- Wpływ ekspresji różnych wariantów białka ORF9b SARS-CoV-2 na komórki ssacze (dr Anna Kicińska)
- Metabolizm tlenowy komórek ameby Acanthamoeba castellanii z różnymi substratami oddechowymi (prof. Wiesława Jarmuszkiewicz)
- Charakterystyka mt-ccfDNA wolnokrążących pozajądrowych czasteczk DNA o pochodzeniu mitochondrialnym w surowicy pacjentów ze zdiagnozowanym zespołem Hakina. (prof. Małgorzata Wojtkowska)
- Charakterystyka nu-ccfDNA wolnokrążących pozajądrowych czasteczk DNA o pochodzeniu jądrowym w surowicy pacjentów ze zdiagnozowanym zespołem Hakina. (prof. Małgorzata Wojtkowska)
Zakład Biologii Genomu
Prace magisterskie lub licencjackie
- Edycja genomu przy wykorzystaniu techniki CRISPR/Cas9 do pozyskania mutantów w genów kodujących deacetylazy histonowe (dr hab. Piotr Ziółkowski)
CRISPR/Cas9-based genome editing for obtaining new mutant alleles of genes encoding histone deacetylase (dr hab. Piotr Ziółkowski) - ATM/ATR-zależna regulacja tworzenia programowanych pęknięć dwuniciowych DNA podczas mejozy (dr hab. Piotr Ziółkowski)
ATM/ATR-dependent regulation of meiotic double-strand breaks (dr hab. Piotr Ziolkowski) - Antyrekombinacyjna funkcja białek systemu MMR (mismatch repair) (dr hab. Piotr Ziółkowski)
Anti-recombinational function of mismatch repair (MMR) proteins (dr hab. Piotr Ziółkowski) - Indukcja ekspresji genów białek zaangażowanych w detoksykację metali ciężkich w roślinach (A. Piechalak)
- Obecność bakterii promujących wzrost a poziom białek zaangażowanych w odpowiedź na stres oksydacyjny wywołany metalami ciężkimi (A. Piechalak)
- Zmiany mobilności metali w transporcie bliskim i dalekim przez suplementację chelatorami syntetycznymi i bakteriami probiotycznymi (A. Piechalak)
Zakład Biotechnologii
Prace licencjackie/ magisterskie
- Mechanizmy degradacji kinazy kaskady MAP- MAPKKK18 przez proteasom 26S (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
- Rola modyfikacji potranslacyjnych w regulacji stabilności białek (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
- Charakterystyka procesu formowania łańcuchów poliubikwitynowych (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
- Identyfikacja i analiza miejsc sumoilacji syntazy ACC7 (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
- Analiza funkcji kaskady kinazy MAPKKK18 w regulacji rozwoju aparatów szparkowych (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
- Projektowanie inhibitorów dla roślinnych fosfataz białkowych typu 2C (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
- Badanie specyficzności hamowania aktywności katalitycznej homologicznych fosfataz białkowych grupy A przez ich potencjalne inhibitory (dr hab. prof. UAM Agnieszka Ludwików)
Zakład Ekspresji Genów
Grupa prof. Zofii Szweykowskiej-Kulińskiej
praca licencjacka:
- Analiza profilu eskresji genów kodujących czynniki transkrypcyjne SPL u rozdzielnopłciowego watrobowca polymorpha.
- Rola białka Hyl1w regulacji transkrypcji genów mikroRNA i białek thaliana
praca magisterska:
- Analiza ekspresji krótkich peptydów kodowanych w rejonach 5’UTR genów kodujących czynniki transkrypcyjne SPL u wątrobowca M.
- Identyfikacja i analiza potencjalnych miejsc metylacji kierowanych przez mikroRNA w jęczmieniu.
- Nowe elementy genetyczne odpowiedzi ziemniaka na stres suszy.
- Rola jęczmiennych mikroRNA z rodziny MIR444 w rozwoju rośliny i odpowiedzi na stresy abiotyczne
Grupa prof. Artura Jarmołowskiego
Prace magisterskie:
- Rola Ago1 w regulacji alternatywnego splicingu i kontranskrypcyjnej biogenezy mikroRNA A.thaliana
- Dialog maszynerii splicingowej i poliadenylacyjnej w regulacji biogenezy mikroRNA A.thaliana
- Rola białka Argonaute 1 w regulacji splicingu alternatywnego u Arabidopsis thaliana (dr Jakub Dolata)
Prace licencjackie
- Kotranskrypcyjna regulacja ekspresji genów u roślin (teoretyczna; dr Jakub Dolata)
- Identyfikacja nowych partnerów białkowych białka Hyponastic Leaves 1 u Arabidopsis thaliana (dr Dawid Bielewicz)
dr Jakub Dolata
- Molekularna charakterystyka syntaz pseurourydynowych u Arabidopsis thaliana
Grupa dr hab. Katarzyny Doroty Raczyńskiej
- Oddziaływanie dimeru białek Lsm10:Lsm11 z innymi białkami i RNA w różnych fazach cyklu komórek ludzkich.The interaction of Lsm10:Lsm11 protein dimer with other proteins and RNAs in different phases of the cell cycle in human cells
- Oddziaływanie białek Lsm10 i/lub Lsm11 z małymi, niekodującymi RNA w komórkach ludzkich.The interaction of Lsm10 and/or Lsm11 with small noncoding RNAs in human cells.
- Poszukiwanie funkcji długich niekodujących RNA w komórkach ludzkich” „Searching for the function of long noncoding RNAs in human cells
- Udział białka FUS w biogenezie sdRNA – małych RNA procesowanych ze snoRNA, w komórkach ludzkich” „FUS mediating in the biogenesis od sdRNAs- small RNAs derived from snoRNAs in human cells.
Prof. UAM dr hab. Andrzej Pacak
Prace magisterskie:
- Zbadanie wpływu niedoboru fosforanów na funkcjonowanie oksydazy kwasu szczawiowego na poziomie genu i białka w jęczmieniu.
Laboratorium Biomolekularnych Interakcji I Transportu (dr Jan Brezovsky, prof. UAM)
- Study of molecular mechanisms of mutations in biologically relevant enzymes underlying disease development
- Identification of bioactive small molecules of biomedically important proteins
- Computational protein engineering towards improved enzymes for biotechnologies
Laboratorium Komórek Macierzystych (grupa prof. Małgorzaty Borowiak)
Prace magisterskie/licencjackie
- Mechanizm ekspansji komórek progenitorowych in vitro.
- Rola lncRNA w pluripotencji
- Indukowany światłem system ekspresji genów w procesie różnicowania in vitro
Laboratorium Terapii Genowej (grupa prof. Krzysztofa Sobczaka)
Prace magisterskie/licencjackie
- Zastosowanie antysensowych oligonukleotydów w celu obniżenia biosyntezy toksycznego białka poliglicynowego w modelach komórkowych z ekspansją powtórzeń trójnukleotydowych CGG
- Określenie znaczenia alternatywnej poliadenylacji prekursora onkogenu miR-21 na poziom jego dojrzałego produktu
Zakład Biologii Obliczeniowej
Prace licencjackie bądź magisterskie
- PL: Zmienność genetyczna odmian rzepaku (Brassica napus) wykazujących różny poziom odporności na infekcję Plasmodiophora brassicaceae
EN: Genetic polymorphism of rapeseed (Brassica napus) cultivars representing different resistance to infection of Plasmodiophora brassicaceae - PL: Adnotacja sekwencji sRNA pochodzących z cząsteczek tRNA-podobnych u Arabidopsis thaliana
EN: Annotation of sRNA sequences derived from tRNA-like molecules in Arabidopsis thaliana - PL: Geny sRNA zaangażowane w regulację tworzenia biofilmu u bakterii chorobotwórczych.
EN: sRNA genes involved in regulation of biofilm formation in pathogenic bacteria. - PL: Zachowawczość domen strukturalnych tRNA
EN: Conservation of structural domains of tRNA - PL: Identyfikacja i adnotacja funkcjonalna genów osieroconych u bakterii
EN: Identification and functional annotation of orphan genes in bacteria - PL: Nowa metoda porównywania sekwencji typu „alignment-free”
EN: A novel alignment-free method for sequence comparisonq - PL: Identyfikacja nowych klas małych RNA na podstawie danych z wysokoprzepustowego sekwencjonowania
EN: High-throughput sequencing based identification of small RNA classes - PL: Opracowanie nowych metod analizy danych pochodzących z sekwencjonowania RNA technologią Oxford Nanopore
EN: Development of new methods for analysis of Oxford Nanopore sequencing data - PL: Analiza danych z wysokoprzepustowego próbkowania struktury drugorzędowej RNA
EN: Data analysis of high-throughput sampling of RNA secondary structure
Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej
Przykładowe tematy prac licencjackich
- Rola alternatywnych oksydaz końcowych w biogenezie organelli podczas stresu abiotycznego (dr hab. Michał Rurek,
prof. UAM) - Choroby związane z procesem programowanej śmierci komórki dr hab. Krzysztof Leśniewicz , prof. UAM
- Zastosowanie analiz omicznych celem poznania funkcjonowania organelli w warunkach stresowych (dr hab. Michał
Rurek, prof. UAM) - Wielopoziomowe analizy proteomu roślin wyższych w warunkach stresu abiotycznego (dr hab. Michał Rurek, prof.
UAM) - Odpowiedź fizjologiczna roślin na warunki stresu abiotycznego i biotycznego (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
- Rola alternatywnych oksydaz końcowych w biogenezie organelli podczas stresu abiotycznego (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
- Udział mitochondrialnych transporterów błonowych w odpowiedzi na stres (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
- Transkryptom, proteom i metabolom roślin wyższych (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
Przykładowe tematy prac magisterskich
- Otrzymanie transgenicznych linii komórek tytoniu BY 2 zaadaptowanych do warunków stresu osmotycznego w celu
- wizualizacji wybranych białek i organelli (dr Anna Kasprowicz Maluśki)
- Analiza bioinformatyczna roślinnych białek bogatych w glicynę oraz kodujących je genów (dr hab. Michał Rurek , prof. UAM)
- Funkcja roślinnych białek bogatych w glicynę podczas odpowiedzi na stres (dr hab. Michał Rurek , prof. UAM)
- Funkcja roślinnych białek bogatych w glicynę podczas odpowiedzi na stres (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
- Analiza poziomu wybranych białek mitochondrialnych kalafiora w odpowiedzi na stres abiotyczny (dr hab. Michał Rurek, prof. UAM)
- Dlaczego one żyją?! Mechanizm adaptacji komórek zawiesinowych BY-2 do warunków silnego stresu osmotycznego (dr Tomasz Skrzypczak)
Grupa dr hab. Kingi Kamieniarz-Gdula
Przykładowe tematy prac licencjackich
- Zbadanie potencjału interferencji transkrypcyjnej do aktywacji genów na przykładzie genu ApoE , kodującego białko istotne w patogenezie Alzheimera oraz chorób sercowo naczyniowych (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula)
- Cellular distribution of transcription termination factors during colorectal cancer development (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula) (topic already taken)
Przykładowe tematy prac magisterskich
- Rola kinazy WNK1 w procesie terminacji transkrypcji u człowieka (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula)
- Analiza danych z wysokoprzepustowego sekwencjonowania natywnego RNA ulegającego procesowi elongacji (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula)
- Generacja stabilnych linii komórkowej tagowanych endogennie czynników terminacji przy wykorzystaniu techniki CRISPR/Cas9 (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula)
- Production and purification of human mPSF complex in insect cells-baculovirus expression system (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula) (topic already taken)
- The influence of epigenetic factors on the efficiency of pre-mRNA cleavage at 3′ ends of protein-coding transcripts in human cells (dr hab. Kinga Kamieniarz Gdula) (topic already taken)
Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka
Proszę pytać w Zakładzie
Inne grupy badawcze
Grupa dr Savani Anbalagan
Prace magisterskie/licencjackie
- Rola pituicytów glejowych w morfogenezie synaptycznej danio pręgowanego
Role of glial pituicytes in synaptic morphogenesis of zebrafish - Modele danio pręgowanego rzadkich chorób oparte na CRISPR
CRISPR-based zebrafish models of rare diseases - Danio pręgowany jako model kręgowca pozwalający zrozumieć wpływ globalnego ocieplenia na sygnalizację gazokrynną.
Zebrafish as a vertebrate animal model to understand the effects of global warming on gasocrine signaling.